In Aquaria schlüpfen die Spieler in die Rolle begeisterter Mitglieder eines Aquaristenvereins, die alle entschlossen sind, das beste Aquarium des Clubs zu haben. Jeder Spieler kümmert sich um sein eigenes Aquarium, in dem verschiedene Fischarten und Wasserpflanzen leben.

Im Laufe des Spiels kaufen die Spieler neue Fische, füttern sie und halten ihre Aquarien in einem Top-Zustand. Die Spieler zeigen außerdem, wie weit sie in ihren Aquaristikstudien fortgeschritten sind, indem sie auf den Enzyklopädie-Leitern vorankommen. Wer am Ende des Spiels die meisten Punkte hat, gewinnt.